ADN ancien : une étude majeure publiée dans Nature révèle 10 000 ans de sélection naturelle chez les Européens

Publiée dans la prestigieuse revue scientifique Nature par une équipe dirigée par les généticiens Ali Akbari et David Reich (université Harvard), une étude d’ampleur inédite livre des résultats qui vont faire grand bruit dans les milieux scientifiques comme au-delà. En analysant l’ADN ancien de 15 836 Européens ayant vécu sur les 18 000 dernières années, les chercheurs ont identifié plus de 400 cas de sélection naturelle directe agissant sur le génome de nos ancêtres — avec des conséquences tangibles sur la physiologie, l’immunité… et même certains traits cognitifs ou comportementaux mesurables aujourd’hui.

Une étude à la fois fascinante et dérangeante, qui rappelle que l’évolution de l’homme ne s’est pas arrêtée à la préhistoire.

Une prouesse technique sans précédent

Jusqu’à présent, les études sur la sélection naturelle dans les populations humaines récentes butaient sur une difficulté majeure : distinguer les changements dus à la sélection de ceux produits par les migrations, les mélanges de populations ou la dérive génétique aléatoire. L’équipe d’Harvard a mis au point une méthode statistique nouvelle, permettant de détecter des tendances cohérentes dans la fréquence des allèles au fil du temps, en contrôlant la structure des populations.

Résultat : un bond de vingt fois par rapport aux études précédentes. Là où les plus récents travaux, en 2024, identifiaient 21 loci (positions précises du génome) soumis à la sélection, cette nouvelle étude en identifie 479 — dont 410 hors de la région du complexe majeur d’histocompatibilité (HLA), zone du génome liée à l’immunité. Et les auteurs estiment qu’il existerait en réalité au moins 3 800 signaux indépendants de sélection directionnelle à l’œuvre sur les dix derniers millénaires.

L’évolution a continué, et à grande vitesse

L’un des enseignements les plus frappants de l’étude est que les populations européennes ont connu, au cours des 10 000 dernières années, une intensité de sélection naturelle bien supérieure à celle des périodes antérieures. En cause, selon les chercheurs : le passage à l’agriculture, la sédentarisation, la cohabitation avec des animaux domestiques, l’exposition à de nouveaux pathogènes, les changements alimentaires et, plus récemment, les grandes pandémies.

Concrètement, l’intensité de la sélection sur les traits liés à l’immunité et à l’inflammation a augmenté significativement à l’âge du Bronze par rapport à la période pré-agricole. Une adaptation accélérée, donc, à un environnement en mutation rapide.

Peau claire, tolérance au lactose, résistance aux maladies

L’étude confirme et précise un certain nombre de traits déjà connus pour avoir été sélectionnés chez les Européens :

• La peau claire : les chercheurs identifient neuf loci présentant des signaux de sélection en faveur d’une pigmentation plus claire (aucun signal en faveur d’une peau plus foncée). Le gène SLC45A2 est à lui seul responsable de 52 % du déplacement observé. L’hypothèse retenue : une sélection favorisant la synthèse de la vitamine D dans les régions peu ensoleillées, particulièrement chez les populations agricoles dont l’alimentation en était pauvre.
• La résistance au VIH : l’allèle CCR5-Δ32, qui confère une immunité totale au VIH-1 chez les porteurs homozygotes, a été sélectionné positivement il y a entre 6 000 et 2 000 ans, vraisemblablement en raison d’une exposition ancienne à la peste (Yersinia pestis).
• La sensibilité au gluten : l’allèle HLA-DQB1 augmentant fortement le risque de maladie cœliaque a été positivement sélectionné au cours des 4 000 dernières années — un paradoxe que les chercheurs ne s’expliquent pas encore entièrement.
• La tolérance à l’alcool : l’allèle du gène ADH1B réduisant le risque d’alcoolisme a été positivement sélectionné.
• La couleur des cheveux et la calvitie : un allèle du gène TCHH, prédicteur des cheveux raides et de la calvitie masculine, a curieusement fait l’objet d’une sélection négative, réduisant sa fréquence au fil des millénaires.

Des résultats sensibles sur les traits complexes

C’est la partie la plus délicate — et potentiellement la plus polémique — de l’étude. Les auteurs ont également cherché des signaux de sélection polygénique, c’est-à-dire des évolutions coordonnées de milliers de petites variations génétiques influençant aujourd’hui des traits complexes.

Parmi les douze signaux les plus robustes identifiés (validés par trois tests statistiques différents et corrigés pour le risque de faux positifs), on trouve :

• Une sélection négative contre les prédicteurs génétiques du surpoids et de l’obésité (pourcentage de masse grasse, tour de taille, rapport taille-hanches). Les chercheurs rapprochent cette observation de l’hypothèse dite des « gènes économes » : une prédisposition au stockage des graisses, utile aux chasseurs-cueilleurs face aux disettes, serait devenue contre-productive avec l’avènement de l’agriculture.
• Une sélection négative contre les variantes associées aujourd’hui aux troubles psychotiques — schizophrénie et trouble bipolaire.
• Une sélection négative contre les variantes liées au tabagisme, au déclin de la santé globale, et en faveur d’une démarche plus rapide chez les personnes âgées.
• Et — c’est là que cela devient inflammable — une sélection positive sur les combinaisons d’allèles associées aujourd’hui à de meilleurs scores aux tests d’intelligence, à un niveau de revenu plus élevé et à une plus longue durée d’études.

Prudence méthodologique

Les auteurs eux-mêmes mettent en garde contre toute lecture simpliste ou idéologique de ces derniers résultats. Trois précautions essentielles sont soulignées dans l’article :

1. Ces traits (revenus, années d’études, scores d’intelligence) ne sont pertinents que dans les sociétés modernes et n’étaient évidemment pas mesurables dans les sociétés préhistoriques ou antiques. Ce qui a été sélectionné n’est donc pas l’intelligence ou le niveau d’études en soi, mais un ensemble de prédispositions génétiques qui, aujourd’hui, corrèlent avec ces traits.
2. Les signaux détectés sont essentiellement antérieurs à 2 000 ans ; après cette période, la tendance s’aplatit. Une étude publiée en 2017 en Islande a même montré une sélection négative contre le prédicteur de la durée d’études au cours du dernier siècle.
3. La robustesse statistique de ces résultats a été vérifiée par corrélation avec des études GWAS est-asiatiques (dont la structure démographique est indépendante de celle des Européens) et par des études familiales — toutes convergent dans le même sens.

Pour valider ces résultats, les chercheurs ont mené des simulations rigoureuses confirmant que leur méthode ne produit pas de faux positifs dus à la structure des populations européennes, à la sélection purifiante ou à la sélection stabilisatrice.

Un tournant pour la génétique humaine

Au-delà des résultats spécifiques, cette étude marque un tournant. Elle démontre que l’évolution darwinienne n’est pas un phénomène lointain réservé aux bactéries et aux pinsons de Galápagos : elle opère en permanence sur le génome humain, y compris dans nos propres populations et à une échelle temporelle très courte à l’échelle évolutive. Elle montre aussi que les transitions culturelles majeures — passage à l’agriculture, urbanisation, domestication des animaux — ont eu un impact génétique mesurable sur notre espèce.

Reste à voir comment ces résultats seront accueillis dans le monde académique et médiatique. Plusieurs conclusions de l’étude — notamment sur les traits cognitifs et comportementaux — heurtent frontalement le dogme, aujourd’hui dominant dans certaines disciplines des sciences sociales, selon lequel seules la culture et l’environnement expliquent les différences observables entre populations. Publiée dans Nature, revue s’il en est réputée pour son exigence, l’étude ne pourra cependant pas être balayée d’un revers de main.

Les auteurs appellent de leurs vœux une application de la même méthode à d’autres régions du monde et sur des périodes plus longues. Une invitation à poursuivre un chantier scientifique qui promet de bouleverser encore bien des certitudes.

Source : Akbari, A., Perry, A., Barton, A. R. et al. « Ancient DNA reveals pervasive directional selection across West Eurasia. » Nature, publié en ligne le 4 mars 2026. DOI : 10.1038/s41586-026-10358-1.

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[cc] Article rédigé par la rédaction de breizh-info.com et relu et corrigé (orthographe, syntaxe) par une intelligence artificielle.

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