Ce que le café fait vraiment à votre intestin et à votre cerveau : l’étude qui nuance tout

Chaque matin, des millions d’Européens accomplissent le même geste sans y penser. Une équipe de l’University College Cork s’est demandé ce que ce geste fabrique, très concrètement, dans le tube digestif et dans la tête de ceux qui l’accomplissent. Leurs travaux ont été publiés le 21 avril dans Nature Communications, revue de premier plan, et ils méritent qu’on s’y attarde — d’abord parce qu’ils sont solides, ensuite parce que la vulgarisation qui en a été faite depuis passe à côté de la moitié des résultats.

Un protocole en 3 temps

Le dispositif est plus astucieux qu’une simple comparaison. Les chercheurs d’APC Microbiome Ireland, dirigés par le professeur John Cryan, ont recruté 62 adultes en bonne santé âgés de 30 à 50 ans, résidant en Irlande, entre septembre 2021 et janvier 2023.

Première moitié : 31 personnes ne buvant jamais de café. Seconde moitié : 31 consommateurs réguliers, entre 3 et 5 tasses par jour, soit environ 305 mg de caféine quotidiens contre 67 mg pour le groupe témoin.

Les deux groupes ont d’abord été comparés. Puis les buveurs de café ont dû s’abstenir totalement pendant 14 jours. Enfin, ils ont été répartis au hasard, en double aveugle, entre café caféiné et café décaféiné — 4 sachets de café instantané par jour pendant 3 semaines. Selles, sang, urine et salive ont été prélevés à chaque étape, avec batterie de tests cognitifs, questionnaires de stress, de sommeil, d’impulsivité, et même une épreuve de stress consistant à garder la main dans de l’eau glacée devant une caméra.

Ce que le café change dans l’intestin

Le résultat principal est net : les buveurs réguliers présentent un profil bactérien distinct. Plusieurs souches sont plus abondantes chez eux, notamment Cryptobacterium curtum, deux espèces d’Eggerthella et un Firmicutes — les Eggerthella étant impliquées dans le recyclage des acides biliaires, donc dans la digestion des graisses. À l’inverse, les non-buveurs hébergent davantage de Veillonella et d’Haemophilus parainfluenzae.

Point méthodologiquement intéressant : la diversité globale du microbiote ne bouge pas. Le café n’appauvrit ni n’enrichit l’écosystème dans son ensemble ; il favorise ou défavorise des souches précises. Les auteurs relèvent d’ailleurs que plusieurs de ces bactéries sont normalement des résidentes de la cavité buccale, ce qui ouvre une piste sur le rôle de la bouche comme réservoir du microbiote intestinal.

Autre observation : lors de la réintroduction, les 7 souches concernées ont réagi que le café soit caféiné ou non. La caféine n’est donc pas seule en cause. Le café contient des centaines de composés actifs — polyphénols, acides chlorogéniques, mélanoïdines formées à la torréfaction — dont certains servent littéralement de nourriture aux bactéries intestinales.

Le décaféiné, meilleur élève qu’on ne croit

C’est le résultat qui a fait les titres, et il est réel, mais il faut le lire précisément car les deux boissons ne produisent pas les mêmes effets.

Le café caféiné a été associé à une baisse de l’anxiété et de la détresse psychologique, à de meilleures performances d’attention et de vigilance, et à un cortisol matinal plus bas au réveil.

Le décaféiné, lui, a produit une amélioration de la qualité du sommeil, de l’activité physique et surtout des performances de mémoire épisodique et d’apprentissage — le groupe caféiné, lui, n’a pas progressé sur ces tests. Les auteurs avancent que cela pourrait découler du meilleur sommeil et de l’activité physique accrue, deux facteurs bien documentés pour la mémoire.

Les deux groupes ont vu diminuer le stress perçu, les scores de dépression et l’impulsivité.

Pour qui supporte mal la caféine — et ils sont nombreux —, la nouvelle est bonne : passer au décaféiné fait perdre nettement moins qu’on ne l’imagine.

Les résultats que la vulgarisation a escamotés

Voici où l’affaire devient intéressante, et où il faut lire l’article original plutôt que ses résumés.

Les buveurs de café sont plus impulsifs. À l’entrée de l’étude, ils obtenaient des scores significativement plus élevés sur l’échelle d’impulsivité UPPS-P, notamment sur la sous-dimension « recherche de sensations », ainsi que sur l’échelle de réactivité émotionnelle. Et ces scores ont baissé pendant les 2 semaines d’abstinence.

Les non-buveurs ont une meilleure mémoire. Le texte de l’étude est explicite sur ce point.

Deux composés potentiellement bénéfiques sont plus bas chez les buveurs : l’acide indole-3-propionique, dont une étude récente suggère qu’il améliore la cognition chez les personnes âgées, et le GABA, neurotransmetteur associé à la régulation de l’anxiété.

L’arrêt du café a fait baisser la tension artérielle, systolique et diastolique.

Le sevrage s’est bien passé. Les symptômes de manque, élevés les premiers jours, avaient chuté dès le 4e jour. Les participants ont même rapporté moins de fatigue et plus d’énergie au fil des 2 semaines sans café — ce qui devrait faire réfléchir quiconque estime ne pas pouvoir s’en passer.

Les auteurs vont jusqu’à écrire, dans leur discussion, que les non-buveurs semblent bénéficier d’une moindre impulsivité, d’une meilleure stabilité cognitive, d’un risque inflammatoire réduit et d’une tension plus stable — l’absence de stimulant préservant les rythmes neurophysiologiques endogènes.

On est loin du titre « le café est bon pour vous ».

Qui a payé, et pourquoi cela compte

Un lecteur attentif ira à la section des remerciements. Elle indique que la recherche a été financée par l’Institute for Scientific Information on Coffee (ISIC), organisme fondé et soutenu par les principaux industriels européens du café.

Cela n’invalide rien. L’étude est publiée dans une revue à comité de lecture exigeant, les données brutes sont déposées en accès public, le code d’analyse est sur GitHub, et le protocole était préenregistré sur ClinicalTrials.gov. C’est le contraire d’un travail opaque — et le fait que les résultats défavorables au café y figurent noir sur blanc est plutôt rassurant sur l’indépendance des chercheurs.

Mais le lecteur a le droit de le savoir, et de constater que la couverture médiatique a retenu les conclusions favorables en laissant de côté l’impulsivité, la mémoire et la tension artérielle. Signalons également que les deux chercheurs principaux déclarent des liens nombreux avec l’industrie agroalimentaire — Nestlé, Danone, Yakult, entre autres —, ce qui est courant dans ce champ et systématiquement déclaré.

Les limites sont posées par les auteurs eux-mêmes : 62 participants, tous en bonne santé, tous âgés de 30 à 50 ans, échantillon insuffisamment diversifié pour analyser l’origine ethnique, puissance statistique possiblement insuffisante pour les effets de taille modeste, et absence de mesure directe du temps de transit intestinal.

Autrement dit, rien dans ces travaux ne justifie de se mettre au café pour sa santé, ni de culpabiliser en le buvant. Ils confirment simplement qu’une consommation modérée est compatible avec un bon état général chez l’adulte sain, que les effets ne se réduisent pas à la caféine, et que le décaféiné n’est pas la boisson de renoncement qu’on croit.

L’étude complète, signée Boscaini, Bastiaanssen, Moloney et Cryan, est consultable librement dans Nature Communications (volume 17, article 3439). Les données de microbiome, de métabolomique et les questionnaires sont accessibles sur les dépôts MetaboLights, Zenodo et ENA.

[cc] Article rédigé par la rédaction de breizh-info.com et relu et corrigé (orthographe, syntaxe) par une intelligence artificielle.

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